RTO與CO在處理廢氣的時(shí)候，廢氣適用種類(lèi)是有所區別的，RTO與CO可以用于處理烷烴、芳香烴、酮、醇、酯、醚、部分含氮化合物等有機廢氣。

  硫磷類(lèi)廢氣會(huì )使催化劑中毒，不適合用CO處理，而如果忽略含硫磷廢氣燃燒時(shí)對設備儀表的少量腐蝕，可以限制性的使用RTO處理。

  由于處理溫度均<1150℃，兩種工藝都不能用于處理含鹵代烴廢氣以避免產(chǎn)生二噁英。部分類(lèi)似硅烷類(lèi)的廢氣因為燃燒后生成的固體塵灰會(huì )堵塞催化劑或蓄熱陶瓷或切換閥密封面，所以RTO和CO都不能使用。

  含漆霧粉塵類(lèi)廢氣要預過(guò)濾以避免切換閥關(guān)不緊、蓄熱體阻塞等現象，RTO的預處理要過(guò)濾到至少F6級;而CO處理廢氣主流通道上無(wú)切換閥，加上可以采用讓廢氣流速較高粉塵不易結存、定期給整個(gè)系統升溫回火將粉塵剝離分解等方法，因此CO的預處理只需簡(jiǎn)單過(guò)濾到G4級。

  此外，因為含易自聚有機物(如丁二烯、丙烯酸酯等)廢氣會(huì )影響到切換閥的有效開(kāi)閉，同時(shí)也可能在位于廢氣進(jìn)口處的蓄熱體上低溫沉積，使用RTO處理該類(lèi)廢氣時(shí)會(huì )有安全隱患，而CO則不受影響。